Училището вече е прогимназия, когато започва румънската окупация. През 1913 г. тогавашните власти го превръщат в лицей - гимназия. До края на румънското управление - 1940 се строи втори етаж, който се довършва през 1941 г. От тази година в сградата се помещават две училища: "Стефан Караджа" и Педагогическото училище.

След 9 септември 1944 г. педагогическото училище се измества, а училището е обявено от гимназия в Единно политехническо училище "Климент Охридски" с ученици от I до XI клас.

От помещаващато се в друга сграда Основно училище "Отец Паисий" на 01.09.1964 г. се обособяват две основни училища с две ръководства, които четири години учат съвместно в сградата на настоящото училище "Отец Паисий". Новообособеният учителски колектив избира на педагогически съвет името "Кирил и Методий", което Комисията по наименования на обекти и сгради от местно и национално значение при Окръжен народен съвет гр.Силистра утвърждава с протокол №1 от 13.02 1965 г.

От 1 септември 1968 г. основно училище "Кирил и Методий" се настанява в сградата на Първа политехническа гимназия, където се помещава и до днес. През 1958 г. начален и прогимназиален курс се отделят, но впоследствие на 31 август 1964 г. отново се сливат, формирайки Основно училище "Свети свети Кирил и Методий" . За директор е назначена госпожа Тодорка Ангелова, а заместник-директор господин Николай Георгиев. От 1 септември 1968 г. директорското място заема Иван Байчев. През периода септември 1979 до август 1987 г. училището се оглавява от Витош Попов. Следващ директор е Петкана Димитрова. От септември 1989 до август 2015 г. училището се управлява от господин Максим Георгиев.

Към настоящия момент директор на училището е господин Георги Тончев.